Het hart van de Panigale V4 R is de nieuwe Desmosedici Stradale R van 998 cc, een motor die een maximum toerental van 16.500 t/min kan bereiken in de zesde versnelling (16.000 in de andere versnellingen) en een maximumvermogen van 218 pk levert bij 15.500 t/min (conform Euro-5*), absolute referentiewaarden in het panorama van supersportmotoren met dezelfde cilinderinhoud.
Ondanks alle verbeteringen levert de nieuwe Desmosedici Stradale R iets minder vermogen dan de vorige versie door de beperking van het uitlaatsysteem dat voldoet aan de strenge Euro-5 homologatie. Het volledige potentieel van deze motor komt echter tot uiting op het circuit door de montage van de race-uitlaat, waarmee hij 240.5 pk kan bereiken, 3 pk meer dan de voorganger.
De bijzonderheid ligt in de nauwe ontsteking van de twee cilinders aan de linkerkant en vervolgens die aan de rechterkant van de motorfiets. In het timingschema staan de ontstekingen dan op 0°, 90°, 290° en 380°.
Deze bijzondere volgorde van ontsteking geeft de V4 een geluid dat sterk lijkt op dat van de Desmosedici MotoGP.
** De levertijd en beschikbaarheid van het product kunnen per land verschillen.