Die Batterie ist das wichtigste Bauteil in Bezug auf Masse und Abmessungen. Sie zeichnet sich bei der Ducati MotoE durch eine speziell entwickelte Form aus, die der natürlichen Linie des zentralen Bereichs des Motorrads folgt. Das Batteriepaket mit einer im Heck integrierten 20-kW-Ladesteckdose wiegt 110 kg und verfügt über eine Kapazität von 18 kWh. Im Inneren befinden sich 1.152 zylindrische Zellen des Typs "21700".

Das Carbongehäuse der Batterie fungiert als tragender Teil des Fahrwerks, genau wie der Motor der Ducati Panigale V4. Der Aluminium-Monocoque-Frontrahmen im vorderen Bereich des Motorrads wiegt 3,7kg. Die 4,8 kg schwere Aluminiumschwinge im hinteren Bereich ist abgeleitet von der Geometrie der Ducati Desmosedici, die in der MotoGP eingesetzt wird. Ein Hilfsrahmen aus Carbon trägt das Heck und den Fahrersitz.

Der Motor wiegt 21 kg, leistet 150 PS und erreicht ein maximales Drehmoment von 140 Nm. Um die Leistung des elektrischen Antriebsstrangs und damit die Performance und Reichweite zu maximieren, basiert das gesamte System auf einer Spannung von 800 V. Das Gesamtgewicht der Ducati MotoE beträgt 225 kg und somit 12 kg weniger als die von der Dorna und der FIM vorgeschriebene Mindestanforderung. Diese Werte ermöglichen eine Geschwindigkeit von bis zu 275 km/h.

Um die unterschiedlichen thermischen Anforderungen der Batterie sowie der Motoreinheit zu erfüllen, werden die Komponenten des Prototyps durch ein besonders ausgeklügeltes und effizientes Flüssigkeitssystem mit doppeltem Kreislauf gekühlt. Dies garantiert sehr gleichmäßige Temperaturen, die sowohl für eine konstante Leistungsabgabe als auch für die Ladezeiten von großem Vorteil sind. Die Ducati MotoE kann sofort nach Rückkehr in die Box aufgeladen werden und hat nach 45 Minuten Ladezeit etwa 80 % Reichweite.