Le V4 de 1 103 cm3 à 90° de la Panigale V4 est remplacé par le Desmosedici Stradale R de 998 cm3 pour respecter la limite de cylindrée imposée par le Championnat WSBK. La réduction de la cylindrée est obtenue en conservant l'alésage de 81 mm, alors que la course a été portée à 48,4 mm grâce à un nouveau vilebrequin en acier forgé qui repose sur des demi-lunes faisant office de roulements et qui conserve la disposition décalée à 70° des manetons.