Come tutti i motori Ducati anche il Desmosedici Stradale vede nella progettazione del sistema Desmodromico un punto fondamentale per l’ottenimento delle performance. Il Desmodromico del Desmosedici Stradale, utilizza componenti completamente ridisegnati e miniaturizzati per realizzare teste molto compatte, raggiungendo un livello di sofisticatezza, compattezza e leggerezza mai visti prima su una moto Ducati.
Ogni componente del sistema è stato progettato e testato per consentire di raggiungere in tutta sicurezza i regimi di rotazione di cui il V4 è capace. A mantenere compatte le teste del motore hanno contribuito anche le nuove candele, dalle dimensioni più contenute rispetto allo standard in produzione.
I quattro alberi a camme del motore Desmosedici Stradale muovono le sedici valvole in acciaio con misure di 34 mm di diametro per quelle di aspirazione e di 27,5 mm di diametro per quelle di scarico, valori decisamente ragguardevoli in relazione all'alesaggio da 81 mm adottato. Le sedi valvole sono realizzate in acciaio sinterizzato.