Nel 2002, Bayliss (Ducati) ed Edwards (Honda) erano dominanti in WSBK, anche se Neil ha conquistato numerose pole position, concludendo la stagione al terzo posto nella classifica finale. Dopo che i primi due sono passati alla MotoGP, Hodgson è diventato il pilota numero uno del team ufficiale Ducati nel 2003, dominando con la nuovissima Ducati 999 e vincendo il titolo contro il compagno di squadra Ruben Xaus.
Un periodo di un anno in MotoGP nel 2004 con la seconda squadra Ducati, Team d’Antin, fu piuttosto privo di soddisfazioni e Neil decise di accettare un’offerta della Ducati di trasferirsi negli Stati Uniti per provare a diventare il primo pilota a vincere tre titoli Superbike, quello britannico, mondiale e americano. Hodgson, tuttavia, è arrivato solo sesto nel primo anno e poi ha concluso il Campionato AMA Superbike 2006 al quinto posto nella sua ultima apparizione con i colori ufficiali Ducati.
Hodgson ora divide il suo tempo tra l’Isola di Man, dove vive, e lavora come telecronista motociclistica / esperto e istruttore di gare su pista.