Appena quattro anni dopo il suo ritorno nel Campionato MotoGP, Ducati riesce nella straordinaria impresa di vincere sia il titolo Costruttori che quello Piloti.
Nel 2007, i regolamenti della MotoGP riducono la cilindrata massima consentita a 800 cc e Ducati risponde con una nuova versione della sua Desmosedici. Al nuovo progetto corrisponde anche un nuovo pilota: il giovane australiano Casey Stoner, infatti, si unisce a Loris Capirossi per completare il team ufficiale in sella alla Desmosedici GP07.
Nella sua prima stagione con la Casa di Borgo Panigale, Casey vince dieci gare e ottiene altri quattro podi, totalizzando i punti necessari per aggiudicarsi il titolo Piloti del 2007 e far vincere a Ducati il suo primo Campionato Costruttori in MotoGP. Capirossi aggiunge un altro successo alla sua carriera con Ducati andando a vincere il Gran Premio del Giappone.